Teori reka bentuk pintar adalah kontroversi dalam komuniti saintifik, mendakwa bahawa kehidupan adalah hasil daripada pereka pintar dan bukannya kebetulan. Para saintis mengkritiknya sebagai tidak dapat dibuktikan dan bertentangan dengan positivisme, tetapi reka bentuk pintar menawarkan kemungkinan meluaskan sempadan sains dengan pendekatan baharu yang melangkaui naturalisme.
Dalam bukunya Intelligent Design, Dembski berpendapat bahawa kemunculan kehidupan bukanlah hasil kebetulan, sebaliknya hasil yang disengajakan oleh seorang pereka pintar. Dia mengkritik komuniti saintifik kerana menolak teologi yang memihak kepada reka bentuk pintar, yang disifatkannya sebagai sains yang berbeza daripada penciptaan. Dia berhujah bahawa reka bentuk pintar boleh menjawab banyak soalan yang tidak dapat dijawab oleh sains pada masa ini, dan ia menawarkan tingkap baharu ke dunia.
Reka bentuk pintar boleh menyukarkan orang biasa yang terbiasa dengan pemikiran saintifik. Kedengaran tidak rasional dan tidak saintifik untuk mendakwa bahawa segala-galanya adalah kehendak Tuhan. Walau bagaimanapun, jika anda mendekati reka bentuk pintar dalam cahaya yang menguntungkan dengan melemahkan hujahnya, anda boleh melihat intipatinya. Sebagai contoh, jika kita mengandaikan bahawa faktor X, yang penting kepada penciptaan kehidupan, datang daripada kehidupan makhluk asing yang pintar, maka penciptaan kehidupan di Bumi adalah hasil reka bentuk pintar, bukan evolusi naturalistik.
Malangnya, saintis tidak mengiktiraf reka bentuk pintar sebagai sains. Mereka tidak prihatin bahawa bukti empirikal evolusi tidak memberikan penjelasan langsung tentang asal usul kehidupan. Mereka membuat karikatur teori reka bentuk pintar dengan mendakwa bahawa ia boleh disangkal dengan mudah oleh orang yang berpendidikan biasa. Sikap saintis yang mengecualikan telah menghalang reka bentuk pintar daripada dibincangkan dalam kalangan akademik dan telah menyebabkan penyebarannya secara sembarangan kepada orang ramai, di mana ia telah menjadi pusat kekeliruan sosial. Keadaan yang mengelirukan ini sebahagian besarnya disebabkan oleh pemikiran tegar dan komunikasi yang tidak jelas dalam komuniti saintifik. Sains sentiasa berkembang dan berkembang dengan teori dan hipotesis baru, tetapi kadangkala ia seolah-olah tersekat dalam paradigma lama dan menolak pendekatan baru. Sikap ini boleh menjejaskan tujuan sains.
Para saintis mengkritik reka bentuk pintar sebagai bukan sains kerana ia tidak boleh dibuktikan atau disangkal. Mereka berpendapat bahawa hipotesis bahawa "elemen X kehidupan berasal dari kehidupan luar angkasa" tidak boleh dibuktikan atau disangkal, dan oleh itu tidak boleh menjadi fakta saintifik. Hujah ini, yang menggemakan pendirian Karl Popper, kedengaran meyakinkan pada pandangan pertama, tetapi ia bukanlah kritikan yang bermakna. Dalam dunia moden, sains telah melampaui apa yang boleh ditakrifkan sebagai kebolehpercayaan. Teori arus perdana dalam fizik, seperti teori superstring dan teori multiverse, tidak boleh diperhatikan, dibuktikan atau disangkal. Satu-satunya perkara yang menyokong teori superstring ialah kepercayaan bahawa ungkapan matematiknya dalam 11 dimensi adalah cantik dan oleh itu hampir dengan kebenaran. Sekiranya saintis menolak reka bentuk pintar atas alasan tidak dapat dibuktikan, mereka perlu menolak kebanyakan sains moden metafizik dengan standard yang sama.
Sesetengah saintis berpendapat bahawa reka bentuk pintar tidak boleh diterima kerana implikasi sosial dan pendidikan yang negatif. Implikasinya ialah mempublikasikan dan mengajar reka bentuk pintar sebagai sebahagian daripada sains akan menyebabkan banyak gangguan sosial dan pendidikan. Namun, hujah ini terlalu melampau. Mereka terlalu takut dengan apa yang akan berlaku jika reka bentuk pintar dibincangkan. Pendedahan Freud tentang alam bawah sedar boleh menafikan atau mengancam akal itu sendiri, asas tamadun moden. Namun kita mengkaji Freud di sekolah, dan sehingga kini, kita tidak pernah mendengar sebarang teori bahawa tamadun moden telah diancam oleh Freud. Contoh-contoh ini boleh didapati dalam komuniti saintifik juga. Prinsip Ketidakpastian Heisenberg menetapkan had asas kepada pemerhatian, yang memberi tamparan kepada komuniti saintifik tradisional berdasarkan pemerhatian yang ketat. Walau bagaimanapun, sains kekal sebagai asas arus perdana masyarakat moden, dan kita tidak pernah mendengar sains mengabaikan atau menolak pemerhatian kerana prinsip ketidakpastian. Sebaliknya, mekanik kuantum telah memperkayakan jangkauan luar sains di tempat yang sains konvensional tidak melakukannya.
Para saintis percaya bahawa teori reka bentuk pintar tidak melakukan apa-apa untuk memajukan sains kerana ia menafikan naturalisme, paradigma asas sains. Mereka percaya bahawa asas semua sains adalah falsafah naturalisme yang universal dan akal. Tetapi ini tidak betul. Sains tidak pernah berkembang dengan mencari sebab atau jawapan dalam alam semula jadi. Sebaliknya, sains telah menganggap situasi ideal atau mencipta konsep yang tidak wujud untuk memudahkan fenomena yang sukar ditafsir dan memperkayakan perbincangan. Tachyon, zarah hipotesis lebih pantas daripada cahaya, dan fonon, medium hipotesis antara zarah, tidak pernah difikirkan daripada perspektif naturalistik. Mekanik klasik klasik daya dan tenaga juga tidak ditubuhkan oleh naturalisme. Dalam kajiannya tentang tenaga, Newton tidak menyangka ia terpelihara, sebaliknya dilesapkan oleh geseran, dan dia percaya bahawa Tuhan menjaga tenaga yang hilang. Newton, salah seorang saintis terhebat sepanjang zaman, secara ironisnya bukanlah seorang naturalis.
Para saintis mengkritik reka bentuk pintar berdasarkan bukti positivistik. Mereka berpendapat bahawa kehidupan timbul secara semula jadi berdasarkan fakta empirikal bahawa banyak bentuk kehidupan telah bertahan dan mati pada masa lalu, bahawa fosil dari lapisan yang lebih tua menunjukkan bentuk kehidupan yang lebih mudah, dan bahawa banyak bentuk kehidupan masih berkembang hari ini. Walau bagaimanapun, tindak balas yang berpuas hati ini telah membantu reka bentuk pintar mendapat daya tarikan dengan orang ramai. Pereka pintar, termasuk Dembski, mengkritik bahawa evolusi semasa tidak dapat memberikan sebarang bukti untuk kemunculan spontan kehidupan pada masa lalu, dan bagaimana untuk menjelaskan kemungkinan mustahil evolusi manusia, yang berada dalam ratusan juta bahagian per bilion. Para saintis cenderung untuk meletakkan kritikan mereka kepada agama dan falsafah. Keputusan empirikal daripada bukti eksperimen pastinya boleh menjadi sumber bukti yang baik, tetapi ia tidak muktamad. Contoh klasik positivisme ialah tafsiran Copenhagen tentang mekanik kuantum. Tafsiran Copenhagen meyakinkan saintis dengan bukti empirikal dan mendorong pelbagai percanggahan mereka ke dalam bidang falsafah, menjadi tafsiran arus perdana mekanik kuantum. Walau bagaimanapun, ia kekal sebagai "tafsiran" yang menyelesaikan tidak lebih daripada itu, dan mekanik kuantum telah menjadi disiplin metafizik dan kompleks dengan banyak tafsiran yang berbeza.
Perdebatan mengenai reka bentuk pintar akhirnya berkaitan dengan persoalan tentang apakah sains. Terdapat banyak perdebatan tentang apakah skop sains apabila didekati dari perspektif falsafah sains. Tetapi tidak perlu berasa tidak selesa dengan kontroversi. Sains boleh melangkaui penaakulan deduktif mudah dan merangkumi lebih daripada yang kita sedar. Satu daripada dua perkara boleh berlaku kepada reka bentuk pintar sebaik sahaja ia diterima dalam bidang sains. Sama ada ia akan ditolak sebagai teori saintifik dan pupus, atau ia akan diterima sebagai sebahagian daripada sains dan menyumbang kepada definisi sains yang lebih luas. Walau apa pun, tidak ada sebab untuk disiplin sains menderita. Adalah jauh lebih bijak bagi saintis untuk mengekalkan reka bentuk pintar di bawah kawalan mereka daripada menyerahkannya kepada penghakiman orang ramai.